Связующим звеном между гомеопатией и гомотоксикологией являются лишь группы исходных концентрировных веществ («яды» или «токсины») из которых готовят препараты. Изначально в основе недавно созданной гомотоксикологии отсутствуют принципы индивидуального подбора препаратов и возможность влияния гна организм больного определеннями разведениями лекарственного вещества и, к сожалению, общий принцип подобия сводится к симптоматическому лечению болезни, но не больного.

Гомеопатическим лекарство становится благодаря не столько исходному веществу, а им могут быть и чернила каракатицы (Сепия), и обыкновенная поваренная соль (Натриум муриатикум), сколько благодаря способу приготовления.